A szezon mélypontja az volt, amikor Alonso megfenyegette a csapatfőnök Ron Dennist, hogy kitálal az FIA-nak a McLaren mérnökei által felhasznált, a Ferraritól származó információról, és a Magyar Nagydíj időmérőjén feltartotta Hamiltont, aki így nem tudta teljesíteni az utolsó mért körét, bár Alonso későbbi büntetése miatt végül a pole pozícióból indulhatott és nyert.
A McLarent a kémkedési botrányban való érintettsége miatt kizárták a konstruktőri világbajnokságból
és a versenyzők is lemaradtak a világbajnoki címről, ami végül Kimi Räikkönené lett, 1-1 ponttal megelőzve Hamiltont és Alonsót. A kétszeres F1-es világbajnok ma már úgy véli, nem Hamiltonnal volt konfliktusa az ominózus szezon során.
„Semmi baj nem volt Hamiltonnal, inkább a csapattal voltak nézeteltérések – idézte a Marca. – Volt néhány dolog, amiről [Hamilton] azt hitte, hogy megadják neki vagy sem, az én esetemben is megvoltak ezek, és nem értettük meg egymást, de mindig tisztelet uralkodott közöttünk, még a pályán is. Vasárnaponként